CO2-reductie kan volgens verschillende principes worden berekend. Voor biobrandstoffen is het meest relevant om onderscheid te maken tussen de berekening volgens het ‘Tank to Wheel’ (TtW) principe en het ‘Well to Wheel’ (WtW) principe. 

Voor het berekenen van de emissies op landenniveau wordt doorgaans uitgegaan van de internationale rekenregels van IPCC. Daarbij worden de zogenaamde ‘Tank to Wheel’ (TtW) emissies berekend. Het gaat dan om de emissies die gepaard gaan met de verbranding van de brandstof. Daarbij worden dus niet de emissies meegenomen die gepaard met de productie, transport en verwerking van de biobrandstof en grondstoffen. Conform deze methode gaat er geen uitstoot gepaard met duurzame biobrandstoffen, omdat de de biogrondstof waaruit de biobrandstof is gemaakt deze uitstoot uit de atmosfeer heeft onttrokken. Dit creëert een koolstofcyclus in plaats van extra CO2-uitstoot. Bij het verbranden van biobrandstoffen komt dus wel CO2 vrij, maar dit telt niet als ‘extra uitstoot’ in de atmosfeer. Dit geldt ook voor andere hernieuwbare brandstoffen, zoals hernieuwbare elektriciteit of groene waterstof. Deze methode, die zich nadrukkelijk beperkt tot het domein mobiliteit, wordt vaak gebruikt om dubbeltellingen tussen sectoren en/of landen voorkomen. 

Een andere methode om de uitstoot te berekenen is gebaseerd op het zogenoemde ‘Well to Wheel’ (WtW) principe. Dat betekent dat emissies worden berekend over de gehele levenscyclus van de brandstof. Hierbij worden ook de emissies die gepaard gaan met productie, transport en verwerking van de biobrandstof en grondstoffen meegerekend. Via een WtW-benadering kan de daadwerkelijke CO2-reductie van een energiebron worden beoordeeld en dit maakt ook dat verschillende hernieuwbare energiedragers onderling beter kunnen worden vergeleken op basis van hun eigenschappen. De grondstof is een belangrijke factor in de berekening van de WtW-emissies, waarbij doorgaans aan afval en residuen in de grondstoffase geen emissies worden toegekend.

Om te bepalen of een biobrandstof voldoet aan de duurzaamheidscriteria wordt uitgegaan van de WtW-emissies. Hierbij kan een producent gebruik maken van de zogenoemde ‘default values' die voor verschillende brandstoffen zijn vastgelegd in de RED2. Echter, deze standaardwaarden zijn conservatief vastgesteld. Producenten kunnen er voor kiezen om de prestaties van hun brandstof zelf te berekenen. Dit zijn de zogenoemde ‘actual values'. 

De NVDB vindt het belangrijk dat het WtW-principe wordt gehanteerd om hernieuwbare energiedragers onderling te kunnen vergelijken. Zo worden de verschillen tussen bijvoorbeeld de inzet van een biobrandstof en elektriciteit duidelijk, maar ook tussen verschillende biobrandstoffen. De NVDB is kritisch op het gebruiken van deze methode als sturingsprincipe voor de inzet van hernieuwbare brandstoffen. Dit geldt met name voor het gebruik van actual values. De reden hiervoor is dat bij een dergelijk sturingsprincipe iedere verbeterde CO2-presentatie wordt uitgedrukt in een marktwaarde. Een dergelijke methodiek stelt hoge eisen aan de verificatie van de emissies en het toezicht.